SCR烟气脱硝系统对现有风机脱硝系统的影响，主要是由烟气脱硝系统引起的烟气阻力损失、SCR脱硝装置阻力损失和空气预热器阻力损失引起的引风机压头引起的。SCR脱硝装置反应器和烟气的加入将增加锅炉的烟气阻力，从而提高风机的功率和电耗。
锅炉服务，设备空间和地面条件的限制，反应不能在锅炉附近布置，采用SCR脱硝装置和烟气阻力可以增加到超过引风机的容量裕度，在这一刻，必须增加引风机的容量。SCR脱硝装置的烟气阻力包括通道阻力、局部阻力和烟气中催化剂的阻力。
在反应器中的催化剂，是分层排列，以及催化剂的气体阻力约为每层催化剂200pa为气体流速4 6m/s和反应器中的标准尺寸之间的典型设计。随着SCR脱硝装置的使用，气侧阻力增加约1000Pa，和扇缘可能不能满足要求而被迫修改。
SCR烟气脱硝系统对锅炉热效率的影响，由于SCR脱硝装置反应器面积很大，且连接烟道较长，增加了系统的冷却面积，增加了锅炉的热损失。现有机组配备可控硅脱硝系统。由于反应器不能靠近锅炉，需要放置在锅炉室外，烟道需要加长，散热损失也会增加。通过计算，当铝硅酸铝保温层厚度为100保温时，烟气流经反应堆和烟道温度下降8度，锅炉热效率约为0.3。
此外，由于SO2的氧化，烟气中的SO3浓度大大提高，尤其是对电厂燃烧高硫煤。总的来说，SO3浓度增加近一倍的烟气通过可控硅，产生的烟气温度显著增加。如果保持原来的布局温度，SCR反应器和空气预热器以及布袋除尘器的布袋表面会出现不同程度的凝结。
当烟雾通过时，灰尘会附着在上面的露水表面，并且会出现严重的灰色现象。酸能使灰渣变硬，降低换热器的传热效率。为了缓解冷凝，机组运行被迫维持较高的排烟温度，使大量的热能无效，使烟囱损失，大大降低了锅炉的热效率，当机组负荷运行较低时，排烟温度维持较困难。
针对低灰脱硝系统的布置，虽然粉尘的现象得到缓解，但为了使SCR反应器的烟气温度达到反应器的反应温度，SCR和增设换热装置来提高烟气温度，也会影响锅炉的热效率。但是，氨系统是否采用液氨加热挥发或高温热解尿素系统，也需要消耗大量的热量，影响锅炉热效率。
